La transformación de la leche en queso comprende dos etapas:

- La coagulación: Modificaciones físico-químicas de las proteínas (micelas de caseína) que, bajo la acción de ácido láctico y/o de enzimas proteolíticos, llevan a la formación de un entramado o “esqueleto” proteico que hace que la leche pase a estar sólida, formándose un coágulo o gel.
- El desuere: Separación más o menos intensa del lactosuero, fase acuosa del coágulo, tras el corte de éste, obteniéndose al final de esta etapa el queso sin madurar o queso fresco.
La etapa siguiente es opcional:
- El afinado o la maduración: Conjunto de transformaciones bioquímicas de los componentes del queso por la acción de enzimas, en gran parte de origen microbiano.
Con la variación de los parámetros tecnológicos de estas etapas, se puede obtener gran diversidad de quesos y aunque en su elaboración no se realicen todas las operaciones posibles en quesería, y la intensidad de las que se realizan en cada tipo de queso puede ser  variable, las más frecuentes son las que parecen en el esquema a continuación.

- Tratamientos previos: Obtención de la materia prima. Recepción. Normalización (opcional). Tratamiento térmico (opcional). Premaduración de la leche (opcional). 
- Coagulación: Ácida o enzimática o mixta. 
- Desuere: Corte de la cuajada. Agitación. Elevación de la temperatura (opcional). Lavado de los granos de cuajada (opcional). Agitación. Preprensado en cuba (opcional). Moldeo. Prensado. Salado. Oreo.

El Capítulo IX del ANEXO III del Reglamento (CE) nº 853/2004 sobre higiene de los productos de orígen animal, regula el estado sanitario de los rebaños, el estado higiénico de la explotación, la higiene del ordeño, material y utillaje, y de la producción y transporte de la materia prima, como también del personal responsable.

La leche cruda ha de cumplir ciertos requisitos en cuanto a calidad físico-química y microbiológica. No tendrá antisépticos ni inhibidores que impidan el crecimiento de los microorganismos. La leche así obtenida llegará a la industria y se almacenará.Obtención de la materia prima.

La practica que más se realiza es la de ajustar el contenido en materia grasa (desnatado, adición de nata). Pero también se pueden modificar otros factores como el contenido en proteínas (adición de concentrados de leche, ultrafiltación), el contenido en sales (adición de cloruro cálcico, sódico) o el contenido microbiano (termización, pasteurización), entre otros. 

En el caso de los quesos artesanos elaborados a partir de leche cruda no se realizan estas operaciones.

Con él se destruyen los microorganismos patógenos, se reduce la flora banal y los enzimas no deseados. Se calentará a 72 ºC durante 15 segundos, o cualquier combinación de tiempo y temperatura con la que se obtenga un efecto equivalente, siempre que con ella no se modifique mucho la estructura de las micelas de caseína, ya que si no el coagulante no actuará de forma adecuada y no se coagulará bien la leche enzimáticamente. Pasteurizador de placas

Después se enfriará hasta la temperatura de crecimiento de los cultivos iniciadores lácticos (30-32 ºC). En el caso de los quesos elaborados a partir de leche cruda no existe tratamiento térmico pues se trata de conservar toda la flora microbiana “autóctona” de la leche. Es imprescindible un ordeño en impecables condiciones higiénicas.

.

La leche se coloca en recipientes llamados “cubas”, más o menos grandes y más o menos automáticas en las que se puede controlar su temperatura. Éstas poseen un instrumento llamado “Lira” que sirve para agitar o cortar según sea necesario. Luego cuando la leche tiene la temperatura adecuada se añaden los microorganismos, cultivos iniciadores (C.I.) o fermentos lácticos, según el tipo de queso que se vaya a elaborar.

Ellos restituirán en parte a los microorganismos beneficiosos que han sido destruidos en la pasteurización, y serán algunos de ellos los encargados de acidificar la leche, y otros en la fase de maduración del queso producirán transformaciones en la cuajada que le darán sus características típicas. 

Se agita para que se distribuyan bien. En el caso de los quesos de leche cruda es práctica habitual añadir fermentos lácticos para una ligera premaduración de la leche y así controlar mejor el proceso de acidificación.

La duración de esta fase de premaduración dependerá del tipo de queso que se elabora y de la clase de cultivos iniciadores (C.I.) que se empleen.

Se adicionan sales de calcio para restituir las que se perdieron con la pasteurización; se aconseja añadir 0,2 g/l de Cl2Ca. En el caso de los quesos de leche cruda no es necesario.

En este momento también se añaden otros posibles aditivos, lisozima (para eliminar el crecimiento de bacterias que hinchan los quesos), lipasas, etc.

Cambio del estado físico de la leche, al pasar de líquido a sólido. Este coágulo o gel poseerá diferentes características dependiendo de la forma en que se obtuvo: coagulación ácida (por acidificación hasta pH 4,6), coagulación enzimática (por acción de un enzima proteolítico), o coagulación mixta (debida a la acción conjunta del ácido y del enzima).

Los microorganismos de la leche cruda o los del Cultivo Iniciador (C.I.) que se añaden a la leche pasteurizada, al consumir el azúcar de la leche (lactosa), producen ácido láctico que la hace más ácida a medida que crecen. En estas condiciones las proteínas (micelas) sufren modificaciones pierden sus minerales y su forma (a pH 4,6) y si antes no se podían unir ahora sí lo hacen. 

Forman redes cuyos nudos son las proteínas, estas redes se colocan unas encima de otras y dan lugar a un entramado laminar de proteína. Los demás componentes de la leche están entre ellas.

La leche ha pasado a ser sólida. El coágulo es frágil, no tiene rigidez, no es compacto, se rompe fácilmente (es friable), poroso y no se contrae.

Si se añade a la leche, que deberá tener una temperatura entre 30-32 ºC, una sustancia o enzima coagulante (cuajo), capaz de cortar el extremo de la proteína caseína kappa (κ) que es la que tiene la mayor carga negativa y está en la parte exterior de la micela y que impedía que se unieran las proteínas, ahora podrán hacerlo.

La agrupación se realiza con la formación de fibras de proteínas en todas direcciones, creándose un entramado proteico que alberga al resto de los componentes de la leche. Pasando la leche a ser sólida.

Las proteínas no han perdido sus minerales y por ello las fibras formadas son fuertes y se unen unas a otras formando un coágulo denso, con cohesión. Por tanto es flexible, elástico, compacto, impermeable y contráctil. 

La cantidad de enzima a añadir será la necesaria para que la coagulación se produzca en un tiempo determinado. La temperatura y el tiempo que tarde en coagularse la leche, dependerán del tipo de queso que se quiere obtener.

Separación más o menos intensa del lactosuero, fase acuosa del coágulo, tras el corte de éste, obteniéndose al final de esta etapa el queso sin madurar o queso fresco.

Su objetivo es retirar parte del agua (lactosuero) del coagulo formado, para que se cumpla la condición que se establece en la definición de queso. Para ello habrá que tener en cuenta el tipo de coágulo que se ha obtenido: ácido, enzimático o mixto.

De la firmeza y cohesión del gel dependerá el tipo de prácticas que se pueden realizar para eliminar el lactosuero, más o menos rápidamente y en mayor o menor cantidad, y así lograr una humedad determinada para cada tipo de queso. Esta humedad va a influir en el crecimiento y actividad de los microorganismos presentes en la cuajada y por tanto en el queso aún sin madurar y en sus acciones de proteólisis y lipólisis entre otras reacciones bioquímicas.

Las condiciones de coagulación por tanto predeterminan y condicionan el desuerado pero ellas solas no permiten una eliminación suficiente de lactosuero. Para esto hay que recurrir a acciones mecánicas, térmicas y físico-químicas.

Además de la eliminación de agua en esta fase se produce un descenso de la lactosa y una mayor o menor desmineralización de las proteínas según el tipo de queso que se elabora.

Al ser un coágulo cuya proteína está fuertemente desmineralizada y unida entre sí por enlaces débiles y formando redes estratificadas, su cohesión muy permeable permite que el desuerado se haga espontáneamente (sinéresis) pero no es lo intenso que en ocasiones se desea por no ser contráctil y por que su pequeña porosidad disminuye con el paso del tiempo de desuerado.

Por su facilidad de rotura (friabilidad) no puede soportar acciones mecánicas fuertes, salvo en casos de productos pastosos, petit suisses o quesos de untar, en los que se puede utilizar la centrifugación y la ultrafiltración para separar el lactosuero, siempre que la cuajada esté en estado de “pasta plástica total” a lo largo de la fabricación. En el resto de los casos se recurre a diferentes procedimientos de desuerado, introduciendo la cuajada en sacos o telas filtrantes, oscilantes o no, o en moldes.

Las pastas lácticas, o quesos lácticos, obtenidas son principalmente consumidas en estado fresco, salando o no la cuajada directamente y moldeadas. Tienen un 70-80% de agua, por lo que son muy húmedas. En algunos casos se desueran más, se moldean, se salan normalmente en superficie, se autoprensan por volteos y se orean. En ocasiones se maduran, pudiéndose conservar por más tiempo.

Tras la formación de la red o entramado de proteínas en la coagulación enzimática se forman nuevas uniones entre las fibras de proteína, sobre todo gracias al calcio, que hacen que se acerquen unas a otras. Esto lleva a que se retraiga el coágulo y por ello sale el lactosuero que hay en el interior del entramado de proteína formado, este fenómeno se llama sinéresis, es un fenómeno espontáneo pero esta pérdida de lactosuero no es suficiente y el gel queda con mucho agua en el interior porque es poroso pero no es permeable y con el paso del tiempo de desuerado lo es menos.

Por eso en este tipo de coágulos, poco permeables pero contráctiles y nada o poco desmineralizados, para desuerarlos hay que recurrir siempre a las acciones mecánicas, que soportan bien. Eventualmente a un tratamiento térmico. Siempre se complementa con acciones físico-químicas y bioquímicas.

Con este tipo de desuerado se obtienen los quesos o pastas enzimáticas. 

Operaciones más frecuentes en el desuerado del gel enzimático: 

a. Corte de la cuajada 

Se corta el coagulo o cuajada para dividirla, un poco o en porciones muy pequeñas según el tipo de queso, que se llaman “granos de cuajada”. Corte automático del coágulo para conseguir que los granos de cuajada sean del tamaño necesario para el tipo de queso que se elabora

b. Agitado 

Para que los granos de cuajada desueren fácilmente por todas sus caras y no se unan entre sí. También para un buen reparto del calor.

c. Elevación de la temperatura de los granos de cuajada 

Es un proceso opcional que depende del tipo de queso que se esté elaborando. Se hace para que salga de los granos el lactosuero.

d. Lavado de los granos de cuajada 

Es un proceso opcional que depende del tipo de queso que se esté elaborando. Se hace para reducir el azúcar lactosa y así controlar a los microorganismos.

e. Separación del lactosuero de los granos de cuajada 

En algunos quesos, antes de la separación del lactosuero, se aplica un preprensado en la cuba ejerciendo una ligera presión.

f. Fase de moldeado y volteos de los quesos 

Colocación de los granos de cuajada en recipientes llamados moldes, especiales para cada tipo de quesos. Esta operación asegura la forma del queso y que continúe el desuere. Las perforaciones de los moldes permiten una salida más rápida del suero, y los volteos que se realizan mientras el queso está en el molde permiten destapar los orificios de salida que se hayan obstruidos por la cuajada y aseguran la homogeneidad del producto. 

g. Prensado 

Para que salga el lactosuero que se encuentra entre los granos de cuajada y así completar el desuerado reforzando la soldadura de los granos y acabar de dar forma al queso. Todos los quesos se prensan pero es su consistencia la que indicará que tipo de presión se ha de aplicar: 

-Pastas blandas, quesos frescos y pastas azules. Se utiliza el autoprensado, aplicando volteos frecuentemente (Cabrales, Q. de Valdeón o Q. Pasiego)

-Quesos compactados de consistencia media. Se aplican presiones leves o moderadas para el prensado por compactación (Queso Tetilla o Q. Majorero)Prensado por compactación. 

-Quesos de pasta más seca (San Simón da Costa o Q. de Murcia) y puros de oveja de larga maduración (Queso Manchego o Q. Zamorano). Se utiliza el prensado neumático con presiones altas.

h. Salado 

Para seguir sacando lactosuero del interior del queso, dar sabor, formar corteza, y dar protección contra ciertos microorganismos. Normalmente se realiza por inmersión en salmuera aunque hay tecnologías en las que se salan en cuba los granos de cuajada.

i. Oreo 

Se trata de secar la superficie del queso para que se forme la corteza, en los quesos en que ésta es una corteza firme y seca.

La gran mayoría de los quesos son el resultado de una coagulación mixta, dando lugar a quesos o pastas mixtas. Las propiedades de estos geles y la aptitud para su desuerado serán intermedias entre las de los geles ácidos y las de los geles enzimáticos, dependiendo de qué carácter predomine.

Encontramos dos tipos de desuerado de gel mixto en función de la naturaleza del coágulo:

Desuerado del coágulo muy láctico y poco enzimático (Pastas blandas) 

El coágulo es muy frágil para soportar manipulaciones que le hagan perder su cohesión provocando un desuerado irregular y la formación de partículas finas que se pierden con el lactosuero (perdida de rendimiento).

La actuación del enzima coagulante, aunque sea pequeña, hace que la firmeza del coágulo sea mayor y éste admite que soporte un ligero corte. El resto de las operaciones de desuerado son las mismas que para los coágulos lácticos.

Desuerado del coágulo poco láctico y muy enzimático (Pastas compactadas y prensadas) 

Durante la fase de desuere la estructura, por un lado de tipo enzimático y por tanto poco permeable, va adquiriendo progresivamente permeabilidad a lo largo de la acidificación. Ésta se produce por el carácter ácido de la coagulación ,y hace que se lleve a cabo una leve desmineralización de las fibras de proteína, que al disminuir su volumen permiten que salga mejor el lactosuero del entramado proteico, favoreciéndose así el desuere.

Por otro lado las proteínas de estos coágulos están más mineralizadas que las de los geles mixtos muy ácidos y poco enzimáticos. Este hecho hace que presenten una gran elasticidad y por eso admiten las acciones que se realizan a los geles enzimáticos.

Si los quesos no tienen fase de maduración (quesos frescos). Tras su elaboración se colocarán en cámaras a 6 ºC y con una humedad relativa adecuada al tipo de queso, para que no se seque y resquebraje su superficie durante su conservación hasta su distribución, que deberá ser enseguida pues su vida útil es muy corta.

Si los quesos han de madurar continuarán su proceso una vez salados con las fases de oreado y maduración.

El oreado se lleva a cabo en cámaras especiales con una temperatura y humedad ambiental determinadas (13-15 ºC y 75 % de humedad relativa), dependiendo del tipo de queso. Normalmente la humedad de esta cámara es menor que la que luego tendrá en la maduración pues se trata de secar la superficie del queso para que se forme la corteza, en los quesos en que ésta es una corteza firme y seca.

Si se trata de quesos con cortezas mohosas o blandas esta fase no es imprescindible

Los quesos, una vez madurados, se comercializan o bien se conservan en cámaras especiales a temperaturas más bajas que las de maduración y con la humedad necesaria para que no se seque el queso.